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En 1985, il commence sa carrière de journaliste à Radio France internationale. En 1986, il intègre l'équipe de l'émission Droit de réponse de Michel Polac, sur TF1. À l'arrêt de l'émission en 1987, il rejoint la rédaction de l'hebdomadaire Politis, pour lequel il travaille jusqu'en 1990. En 1991, il réalise son premier documentaire, « Le mouve », sur le mouvement hip-hop, qui est diffusé sur FR3. Il est grand reporter free-lance jusqu'en 1995{{,}}{{refnec}}.
En 1995, il devient reporter pour différentes agences et chaînes télévisuelles : l'agence CAPA où il réalise des films pour Envoyé spécial sur France 2, M6 (Zone interdite), Canal+. En 1997, il participe à la création de la rédaction du Vrai Journal, l'émission présentée par Karl Zéro sur Canal+, puis en est le rédacteur en chef en 1998{{,}}. En 1999, il quitte CAPA et intègre Canal+ pour créer, sur demande du directeur des programmes Alain De Greef, l'émission 90 minutes où il est nommé directeur adjoint de l'information. En 2006, il quitte Canal+ et fonde « Premières Lignes Télévision », agence de presse indépendante et société de production.
En 1999, Paul Moreira crée le magazine 90 minutes sur Canal+. Certaines des enquêtes, telle « Juge Borrel : Révélations sur un suicide impossible », {{refnec}}. En 2003, il crée une case hebdomadaire consacrée au documentaire d’enquête avec Émilie Raffoul-Rouleau, « Lundi Investigation ».
Deux enquêtes sur la reprise de la crise politico-militaire en Côte d'Ivoire en novembre 2004 : « Côte d'Ivoire : le crépuscule des Français » et « Côte d'Ivoire : quatre jours de feu » suscitent des controverses sur l'intervention de l'armée française durant les journées du 6 au 10 novembre, durant lesquelles des manifestations anti-françaises furent réprimées par les militaires français.
En 2006, la direction de Canal+ met fin à l'émission 90 minutes : ce geste serait issu d'un conflit interne, d'une pression politique à l'approche de la campagne présidentielle française de 2007, ou d'un amollissement de l'émission par rapport à Lundi Investigation. Une pétition de protestation est aussitôt lancée sur le site du Nouvel Observateur, et recueille 10000 signatures.
Paul Moreira crée alors une agence de presse indépendante, « Premières Lignes Télévision ». Celle-ci produit des films pour diverses chaînes : Canal+, Arte, France Télévisions. Les documentaires, qui portent souvent sur des zones de conflit (Irak, Afghanistan, Somalie, Palestine, Égypte, Syrie), sont diffusés dans la plupart des pays européens, en Australie, au Japon, au Canada, en Russie.
En 2009, Luc Hermann rejoint l’agence et la développe en constituant une équipe de journalistes d’investigation et de réalisateurs indépendants. En 2011, à l’initiative d’Elise Lucet et de Laurent Richard, l’agence Premières Lignes lance le magazine CASH Investigation pour France 2 qui rencontre un succès immédiat et une audience record.
La même année, Moreira réalise avec Luc Hermann un documentaire d'investigation sur le groupe Wikileaks. Grâce à un accès privilégié à Julian Assange, il peut suivre l'impact considérable des documents sur la guerre en Irak. Le film est d'abord diffusé sur Arte en format court sous le titre « Wikileaks, la guerre contre le secret » puis sur La Chaîne parlementaire en format long sous le titre « Wikileaks, enquête sur un contre-pouvoir ». La version internationale « Wikileaks: war, lies and videotape » est diffusée dans de nombreux pays.
Paul Moreira et Luc Hermann sont aussi à l'initiative de « Liberté d'informer, pour un accès plus libre à l'information », une campagne pour un Freedom of Information Act français. Une pétition, lancée en avril 2003, a recueilli finalement près de {{unité}} signatures ; les promoteurs du texte ont également tenu un colloque à l'Assemblée nationale devant des parlementaires, journalistes, avocats et représentants d'associations sur le thème « L’abus de secret administratif, un mal français ». En 2014, Moreira est notamment entendu par la Mission d'information du Sénat concernant la commission d’accès aux documents administratifs, chargée de permettre l'accès à ce genre de documents.
En 2014, à l’initiative de Paul Moreira, le FIGRA et Amnesty International-France lancent le premier « prix de l’impact », récompensant un film pour ses effets concrets sur la société civile. Celui-ci est remis au documentaire « Escadrons de la mort : l’école française », de Marie-Monique Robin, par le jury présidé par Moreira.
En 2015, Moreira co-dirige avec Fabrice Arfi de Médiapart la publication du Collectif « Informer n’est pas un délit », paru aux éditions Calmann-Lévy{{,}}. Il est nommé en juillet de la même année vice-président de Reporters sans frontières.
Danse avec le FN est un documentaire diffusé sur Canal+ le 20 avril 2015, dans lequel Paul Moreira étudie pendant un an les nouveaux électeurs du Front national<ref name="FN”>{{article}}.. Le réalisateur est invité au Grand Journal pour présenter le documentaire juste avant sa diffusion sur la chaîne.
Durant cette intervention, Moreira précise avoir compté « six appels au meurtre dans le Coran et treize dans la Bible » dont deux dans le Nouveau Testament. Un comparatif {{citation}} est également présent dans le documentaire, déconstruisant selon Moreira un "bobard" d'Éric Zemmour sur i télé affirmant que le Coran contenait un appel au meurtre "à chaque page". Au cours de la même intervention, il précise : {{citation}}. Cette dernière affirmation est basée sur son interprétation de la parabole des mines et d'un passage de l'évangile selon Matthieu{{,}}.
Plusieurs réactions très négatives quant à cette intervention sont publiées. Sur le site de lObservatoire de la christianophobie (publication catholique traditionaliste), Daniel Hamiche dénonce selon lui un "blasphème", et demande des explications à Moreira. Dans Causeur, Jacques de Guillebon accuse Moreira de mentir au sujet de l'appel au meurtre par Jésus.
Paul Moreira répond à ces critiques sur la plate-forme d'information participative de l'Obs, en citant deux passages de la Bible, et présentant les différentes critiques de la "réacosphère".
Le film de Paul Moreira porte sur la crise ukrainienne, plus particulièrement l'Euromaïdan et le rôle de l'extrême droite dans cette crise, un rôle qui suscite une forte controverse.
Paul Moreira suggère que des milices d'extrême droite comme celles de Pravy Sektor, Svoboda, Azov, auraient joué un rôle clé dans cette révolution. De plus, selon lui, les États-Unis auraient fermé les yeux sur ce rôle, donnant la priorité à leurs propres intérêts géopolitiques, l'Ukraine étant présenté comme l'échiquier d'une nouvelle guerre froide. Enfin, il prétend que la guerre en Ukraine aurait pour seule origine un conflit entre ukrainiens d'origine non russe, et ukrainiens d'origine russe : le conflit aurait été déclenché par la décision du gouvernement ukrainien de déchoir le russe de son statut de langue officielle ; puis il aurait été entretenu par le président russe Poutine, encourageant les ukrainiens pro-russes à s'armer et à combattre.
Ce point de vue de Moreira diffère fortement d'autres points de vue présents dans les médias. De nombreux journalistes soutiennent par exemple que la révolution de Maïdan a simplement été un soulèvement populaire face à un dictateur corrompu et soutenu par la Russie, et que cette révolution était un pas vers l'Union Européenne et les valeurs qu'elle représentait{{,}}. De plus, selon ces mêmes journalistes, le conflit actuel en Ukraine serait le résultat d'une volonté impérialiste du président russe Poutine, décidé à conquérir tout ou partie de l'Ukraine.
L'ambassade ukrainienne a demandé l'annulation de la diffusion du film prévue par Canal+, mais n'a pas obtenu satisfaction.
Le documentaire a été violemment critiqué dans plusieurs médias. Sur le blog « Comité Ukraine (la révolution du Maïdan continue) », hébergé par le journal Libération, Renaud Rebardy, journaliste spécialisé sur l'Europe de l'Est, accuse Moreira de signaler que la nouvelle ministre des finances ukrainienne était une ancienne diplomate américaine sans donner plus de précisions, alors qu'elle appartenait à la diaspora ukrainienne aux États-Unis. Sur son blog, hébergé par Mediapart, Anna Colin Lebedev, chercheur spécialisée notamment sur l'Ukraine, met en lumière les erreurs qu'elle relève dans le documentaire. Benoît Vitkine, dans un article du Monde, insinue que le documentaire aurait décrit "l’installation d’un nouveau fascisme" en Ukraine, alors que le film ne défend pas cette thèse. Une tribune libre, publiée également dans le journal Le Monde, et rédigée par un collectif, accuse même Moreira de « participer à une entreprise de désinformation ». L'Obs publie de son côté une lettre signée par 18 reporters qui ont couvert les événements en Ukraine directement sur le terrain{{,}}. Ceux-ci se plaignent notamment du montage, qui mélangerait des événements de différentes périodes. Ils remettent en cause la nature du conflit actuel en Ukraine présentée par Moreira (le point de vue sur la guerre linguistique est approximatif selon eux). Ils regrettent que certains faits ne soient pas abordés ou trop peu abordés par le réalisateur, comme l'annexion de la Crimée par les russes, ou la guerre du Donbass. Et ils affirment que la plupart des milices auraient été désarmées par le gouvernement ukrainien.
Paul Moreira a répondu dans un billet de blog aux premières critiques qu'il qualifie pour la plupart de "minuscules". Il y dénonce les propos de Viktine, de Lebedev ou de Rebardy, rétorquant notamment que le parcours de la nouvelle ministre des finances n'est pas banal puisqu'elle a présidé depuis 1995 le WNISEF, un fond d'investissement américain chargé d'investir les fonds du gouvernement américain (USAID) dans l'économie ukrainienne.
Causeur approuve l'argumentation de Paul Moreira. Celui-ci a reçu plusieurs autres soutiens de différents médias, notamment Pèlerin, ou L'Humanité, qui dénonce une campagne de dénigrement contre lui.Le documentaire a été également plutôt loué aux États-Unis par The Nation ou par Consortium News, qui souligne le fait que ce « documentaire vient décrire une réalité longtemps niée ». De plus, Jean-Christophe Emmenegger, du site d'investigation suisse Sept, attaque les journalistes ayant critiqué Moreira, remettant en cause la qualité de leur travail sur l'Ukraine.