Avant de devenir un romancier à temps plein, John Connolly travaille comme journaliste, barman, fonctionnaire du gouvernement local, serveur et coursier au grand magasin Harrods à Londres.
Après avoir obtenu un Baccalauréat en arts d'anglais au Trinity College de Dublin et une Maîtrise en arts de journalisme à l'Université de Dublin, il travaille pendant cinq ans comme journaliste pigiste pour le journal The Irish Times.
Il devient rapidement frustré par la profession, et commence à écrire "Every Dead Thing" (Tout ce qui meurt) pendant son temps libre qui obtient un Shamus Award – Best First Private Eye Novel.
Il continue à écrire des articles pour son journal, les plus marquants ayant été une série d'entretiens avec d'autres auteurs établis.
Il cite Ross Macdonald, James Lee Burke et Ed McBain comme influences majeures, et il est souvent apprécié pour son style riche et introspectif d'une qualité rarement atteinte par les autres auteurs du genre.
Il est un lecteur passionné et collectionneur de musique, et a également la cuisine et la gymnastique comme passe-temps.