À l'âge de 17 ans, Vassilis Alexakis reçoit une bourse et vient en France, à Lille, pour étudier le journalisme. La bourse étant insuffisante, il doit travailler à la plonge dans un restaurant. Après ses études de trois ans, il rentre en Grèce pour cause de service militaire mais revient s'installer à Paris en 1968 après le coup d'État militaire d'avril 1967.
Diplômé de l'École supérieure de journalisme (ESJ) de Lille, Vassilis Alexakis a collaboré comme journaliste, dessinateur humoristique et chroniqueur à plusieurs journaux et radios, dont Le Monde, La Croix, La Quinzaine littéraire et France Culture. Il a travaillé au Monde des livres durant quinze ans et a également écrit des pièces radiophoniques.
Vassilis Alexakis a obtenu le prix Alexandre-Vialatte (1992), le prix Albert-Camus (1993) pour Avant, le prix Médicis (1995) pour La Langue maternelle, le prix de la nouvelle de l'Académie française (1997) pour Papa et autres nouvelles, le prix Édouard-Glissant (2003) et le grand prix du roman de l'Académie française (2007) pour Ap. J.-C.. En 2012 il reçoit le prix de la langue française pour l'ensemble de son œuvre. Il est officier des Arts et des Lettres et commandeur de l'Ordre du Phénix.