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Marc Roger Ferro est né au 47, rue du Rocher à Paris ({{8e}} arrondissement). Son père, Jacques Ferro, né le {{date}} à Corfou (Grèce), est employé de banque. Sa mère, Oudia Firdmann, est née le {{date}} à Novohrad-Volynskyï, aujourd'hui en Ukraine.
En 1941, Marc Ferro habite Paris avec sa mère et son beau-père, qui l'envoient en zone non occupée à Grenoble pour le reste de la guerre, car il est d'origine juive par sa mère et donc menacé par la politique antisémite des Allemands.
C'est donc à la faculté de Grenoble qu'il prépare le certificat d'histoire-géographie. Âgé de {{nobr}} en 1944, il est sous la menace d'une réquisition par le Service du travail obligatoire (STO).
Après l'arrestation de plusieurs membres de son réseau, il participe activement à la Résistance dans le maquis du Vercors. Sa capacité à lire les cartes d'état-major décide de son affectation. Il reçoit pour mission de pointer avec précision sur les cartes les mouvements des forces en présence.
Après la guerre, il épouse le {{nobr}} Yvonne France Blondel à Déville-lès-Rouen (Seine-Maritime)
Il enseigne en Algérie à Oran entre 1948 et 1956. Bien que très attaché à cette terre, il la quitte pour devenir professeur à Paris, au lycée Rodin. Après avoir enseigné à l’École polytechnique, il est directeur d'études à l'École des hautes études en sciences sociales (EHESS) {{incise}}, président de l'Association pour la recherche à l'EHESS et codirecteur des Annales, où il est nommé par Fernand Braudel en 1970. Il est un utilisateur régulier de la bibliothèque de la Fondation Maison des sciences de l'homme créée par ce dernier. Ancien directeur de l'Institut du monde soviétique et de l'Europe centrale, il est docteur honoris causa de l’université de Moscou depuis 1999.
Il se spécialise au début des {{nobr}} dans l'histoire soviétique (sa thèse de doctorat porte sur la Révolution russe de 1917), domaine dans lequel il a tenté de porter un discours non idéologique et de montrer par les archives audiovisuelles et écrites que la révolution prolétarienne est faite non par la classe ouvrière, mais par des femmes, des soldats et des paysans. Ses études dans le domaine de l'histoire sociale tranchent avec les analyses alors dominantes de l'« école » du totalitarisme.
Selon lui, l'insurrection d'Octobre ne se réduit pas au coup d'État bolchevique, car elle est indissociable du mouvement révolutionnaire et populaire en cours. Il analyse également le processus de bureaucratisation-absolutisation du pouvoir à partir du sommet, mais aussi de la base.
Il s'affirme de gauche, mais non communiste. {{refnec}}. En {{nobr}}, lors de la campagne présidentielle française, il signe avec {{nobr}} un appel à voter pour la candidate socialiste Ségolène Royal, {{citation}}, pour {{citation}} après avoir soutenu en 2002 la candidature de Jean-Pierre Chevènement.
Il est l'un des auteurs de la pétition Liberté pour l'histoire.
Marc Ferro a lancé la réflexion sur le cinéma et l'histoire. Il utilise le cinéma comme instrument de connaissance de l'histoire des sociétés, considérant que le cinéma livre un témoignage au même titre que des sources traditionnelles. Il a présenté à la télévision, d'abord sur la Sept à partir de 1989, puis sur Arte à partir de 1992, une émission historique de visionnage d'archives avec un décalage de {{nobr}}, nommée Histoire parallèle : son démarrage correspond à la veille de la Seconde Guerre mondiale, avec l'analyse d'actualités cinématographiques des différents camps, puis d'archives moins anciennes pour pouvoir comparer les époques. En 1993, il est co-scénariste du film Pétain de Jean Marbœuf.
Marc Ferro est l'auteur d'une biographie de Nicolas II parue en 1990 et traduite dans de nombreuses langues, mais interdite à Ekaterinbourg. Dans son dernier chapitre, l'ouvrage évoque de {{Référence nécessaire}} éléments tels que l'intégrale du dossier Sokholov, les archives diplomatiques européennes postérieures à {{nobr}}, qu'il désigne en 2002 comme {{citation}}, la « seconde mort de Nicolas II » déjà traité par Marina Grey : le massacre de toute la famille Romanov à Ekaterinbourg ne serait pas avéré. Seuls selon lui l'empereur Nicolas II {{incise}} aurait été tué à Ekaterinbourg en {{nobr}} : l'impératrice et les quatre filles furent évacuées à Perm afin d'être échangées avec l'Allemagne, l'Espagne et le Vatican. Parmi elles Maria et Olga auraient vécu plusieurs décennies et gardé le contact. En 2002, dans Les Tabous de l'histoire et en 2011 dans l'introduction à la réimpression de sa biographie, il émet l'hypothèse que le tsarévitch n'a pas non plus été tué à Ekaterinbourg, mais a survécu en URSS où il a eu, comme Maria Nicolaievna Romanov, mariée au prince ukrainien Nicolas Dolgorouki en Europe occidentale sous un faux nom, une descendance. Dans cette hypothèse, Anna Anderson serait bien Anastasia, elle qui déclara toute sa vie {{incise}} {{Citation}} et qui a bien tenté au moins une fois de prendre la fuite en {{nobr}} à Perm quand elle s'y trouvait prisonnière avec ses sœurs et sa mère. Tous ces éléments, il les a à nouveau consignés en 2012 dans son dernier livre, La vérité sur la tragédie des Romanov ; l'ex-impératrice et les grandes-duchesses ont survécu. On y voit notamment ainsi qu'un télégramme du duc de Hesse frère de l'ex-tsarine à sa sœur Vittoria indiquant fin {{nobr}} qu'« Alix et tous les enfants sont en vie » et une photographie de famille de Maria et d'Olga Nicolaievna Romanov ensemble en 1957 sur la côte d'Azur.