Theroux est né à Medford dans le Massachusetts. fils d'un père canadien français et d'une mère italo-américaine{{,}}. Après avoir fini ses études universitaires, il rejoint le Peace Corps et est envoyé au Malawi. En travaillant là-bas, il aide un opposant politique de Hastings Banda à s'échapper en Ouganda. Il est alors expulsé du Malawi et renvoyé du Peace Corps. Il part alors en Ouganda pour enseigner à l'Université Makerere. Là, commence une amitié de trois décennies entre Theroux et le romancier V.S. Naipaul, alors professeur en visite à l'université. Quand la vie dans l'Ouganda d'Amin Dada devient difficile, il part pour Singapour.
Son premier roman, Waldo le Chiot qui Lisait des Contes de Fée, publié lorsqu'il était en Ouganda, rencontre un succès modeste. Il publie plusieurs romans au cours des années ultérieures parmi lesquels Red and the Indians et Jungle Lovers and Jungle Shoppers.
Il s'installe à Londres en 1972 avant de mettre sur pied son voyage épique par train de Grande-Bretagne au Japon aller-retour. Son compte-rendu de voyage est publié sous le titre Railway Bazaar (The Great Railway Bazaar), qui constitue son premier succès majeur comme écrivain. Il a depuis écrit plusieurs autres livres liés au voyage, y compris des descriptions de voyages en train de Boston en Argentine (Patagonie Express - The Old Patagonian Express ), de Russie jusqu'en Chine (La Chine à petite vapeur - Riding The Iron Rooster ), et du Caire au Cap (Dark Star Safari) ou autour de la Méditerranée (Les Colonnes d'Hercule - The Pillars of Hercules). C'est un voyageur qui s'attache à la description des gens et des endroits, avec une tendance appuyée à l'ironie attribuée sans doute à tort à de la misanthropie mais qui dénote un humour caustique. L'autre ouvrage non romanesque écrit par Theroux est Sir Vidia's Shadow, un compte-rendu de son amitié personnelle et professionnelle avec le prix Nobel V.S. Naipaul qui s'achève brutalement après trente années.
Son roman Docteur Slaughter sert de base au film, Half Moon Street (1986), avec Michael Caine et Sigourney Weaver, qui reçoit de mauvaises critiques cinématographiques. The Mosquito Coast (James Tait Black Memorial Prize) a aussi fait l'objet d'un film du même nom (1986), dirigé par Peter Weir, avec Harrison Ford, Helen Mirren et River Phoenix. Ce dernier roman rencontre un certain succès. Chinese Box (1997) est un film sur la rétrocession de Hong Kong par l'Empire britannique à la République populaire de Chine dont le scénario est basé sur des thèmes que Théroux explore dans son roman de 1997 Les derniers jours de Hong Kong - Kowloon Tong.
Theroux vit actuellement au Cap-Vert. Il s'est marié à Anne Castle le 4 décembre 1967 (séparé en 1991, en a divorcé en 1993). Il est marié actuellement à Sheila Donnelly (depuis le 18 novembre 1995). Il a deux fils avec Anne Castle - l'écrivain et présentateur de télévision Marcel Theroux, et le présentateur de télévision Louis Theroux.
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