300 ans après notre ère, la Terre est désormais dominée par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées. Dans ce nouveau monde co-existent deux cités : Ragna, qui oeuvre pour le retour de la civilisation et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé lorsque Agito réveille par hasard une jeune fille du temps passé : Toola.